Wojna obronna 1939r.

Już 8. września lotnictwo niemieckie dokonało bombardowania miasta; zginęło około 12 mieszkańców. 11. września około godz. 10.00 niemieccy dywersanci podpalili Biłgoraj w kilkudziesięciu punktach. Pożar trwał cały dzień. Spłonęło 1006 budynków. Spaliło się centrum Biłgoraja oraz ratusz, kościół parafialny i synagoga. Miasto zostało zniszczone w około 70 %.
14. września dokonano kolejnego bombardowania; śmierć poniosło 100 uciekinierów i mieszkańców. Wycofujące się oddziały Wojska Polskiego (armie "Kraków" i "Lublin") toczyły bój o Biłgoraj od 16. września. Pierwotnie oddziały niemieckie zostały wyparte. Weszły do miasta na stałe już następnego dnia.
Na pewien czas, po inwazji Armii Czerwonej na wschodnie tereny Polski w dniu 17 września 1939 roku, w mieście znalazły się też oddziały sowieckie.
Okupacyjne władze niemieckie uczyniły Biłgoraj siedzibą powiatu. Znajdowały się tu: starostwo, gestapo, żandarmeria i inne formacje policyjne, garnizon Wehrmachtu itp. Władzę sprawował burmistrz mianowany przez niemieckiego starostę.